管理者有幾個方法來限制污染物對玻璃鋼冷卻塔性能的影響。水處理方案可以幫助減少懸浮在水中的污染物，限制其形成規模的能力。這方案還可以幫助減少有機污染物的增長。  限制生物體的積聚，我們使用的水處理兩種方法 - 在循環水中投入生物殺蟲劑和紫外線殺毒。殺菌滅藻方案必須設計為塔式所在的特定環境下，并定期監測才是有效的。紫外線系統是在室內安裝的，循環水暴露在紫外線光的中等水平下。光線不夠密集，則無法破壞大多數生物體內DNA的物質，或阻止其繁殖。

玻璃鋼冷卻塔是水在其與流過的空氣進行熱交換、質交換，致使水溫下降的一種裝置，  阻礙冷卻塔正常運行的一個常見問題是污染。無機固體如灰塵，泥土，沙子和淤泥是從大氣中和塔供水引入塔的。這些固體堆積在塔盆底，侵蝕循環泵葉輪，堵塞噴嘴，并在傳熱面上形成大面積覆蓋，造成難以清洗的局面。   而玻璃鋼冷卻塔的另一個常見的污染物是有機固體，如葉，草屑，花粉，藻類和細菌。與無機固體對比，有機固體雖傾向于集聚在塔盆表面，噴嘴和熱傳輸的表面。但是，有機固體可對人員健康構成威脅。